事業所税の免税点判定を徹底解説｜従業者割のパート・出向者・役員等の特殊な取扱いも含む

事業所税には「免税点」制度があり、一定規模以下の事業者には課税されません。本記事では、事業所税（資産割・従業者割）の免税点の判定方法、免税点以下でも申告が必要となるケースについて詳しく解説します。特に従業者割の免税点判定では、パートタイマー・出向者・役員など特殊な勤務形態の従業者の取扱いが複雑で実務上問題になりやすいため、表とケース別の具体例を交えて徹底解説します。

なお、事業所税の税額の計算に必要な課税標準については「事業所税の課税標準の計算方法を完全解説｜資産割・従業者割の計算方法」の記事で詳細に解説しています。

また、「事業所税の免税点判定・課税標準・税額の概算ツール(簡易版)」「事業所税の免税点判定・課税標準・税額の概算ツール(詳細版)」もぜひご活用ください。

事業所税の免税点(東京都の場合)

事業所税には、一定規模以下の事業者には課税しない「免税点」制度があります。免税点以下の事業者については、事業所税は課税されません。

免税点判定の基本原則

判定の基準日

免税点の判定は先ほどの表においても触れていますが、課税標準の算定期間の末日の現況により行います。つまり法人の場合は事業年度終了日、個人の場合は12月31日（事業の廃止の場合は廃止日）の状態で判定します。

免税点判定で除外されるもの

資産割の免税点判定における非課税部分の取扱い

資産割の免税点判定では、事業所床面積から非課税となる部分の床面積を控除した残額で1,000㎡超かどうかを判定します。ここで「非課税部分」が具体的に何を指すのか、実務上問題になりやすい論点ですので、以下に詳しく解説します。

非課税となる床面積の2つの分類

事業所税における非課税は、大きく分けて「人的非課税」と「用途非課税（物的非課税）」の2つに分類されます。

免税点判定で除外される代表的な非課税床面積

営利法人でも該当する可能性がある「用途非課税」のうち、実務上よく問題になる代表例を以下に挙げます。

免税点判定での具体的な計算

非課税部分がある場合、免税点判定では「事業所等の合計床面積」から「非課税床面積」を控除した課税床面積で判定します。

非課税と減免・課税標準の特例の違い（重要）

事業所税には「非課税」「課税標準の特例」「減免」という3つの軽減措置がありますが、免税点判定での取扱いがそれぞれ異なるため、混同しないように注意が必要です。

非課税部分の按分計算が必要なケース

1つの事業所等の中で、課税部分と非課税部分が物理的に明確に区分されている場合は問題ありませんが、共用部分（廊下・トイレ・エレベーターホール・階段室等）がある場合は、その共用部分を課税部分と非課税部分とで按分する必要があります。

事業所等の新設・廃止と免税点判定（重要）

課税標準の算定では新設・廃止について月割計算を行いますが、免税点の判定では月割計算を行いません。算定期間末日の現況による判定です。

従業者割の免税点判定の詳細について

従業者割の免税点判定は、特殊な勤務形態の従業者の取扱いが複雑で、実務上問題になりやすい論点です。以下、勤務形態ごとに詳しく解説します。

高齢者・障害者・雇用改善助成対象者の取扱い

従業者割の免税点判定および課税標準の算定にあたっては、以下の者について特別な取扱いがあります。

高齢者等の判定タイミング（重要）

高齢者・障害者・雇用改善助成対象者であるかどうかの判定は、その者に対して給与等が支払われる時の現況によります。「給与等が支払われる時の現況」とは、従業者の給与の計算の基礎となる期間（月給、週給等の期間）の末日の現況をいいます。

特殊な勤務形態の従業者の取扱い一覧

東京都主税局「事業所税の手引」では、特殊な勤務形態にある従業者の取扱いを以下のとおり詳細に規定しています。免税点判定と課税標準で取扱いが異なる場合があるため、注意が必要です。※印が付いている項目は、勤務時間や条件によって取扱いが異なるため、表の下の注釈を必ずご確認ください。

【※1】役員・使用人兼務役員の取扱い

事業所税における「役員」とは、原則として法人税法上の役員と同義です（法人税法2条15号、同施行令7条、法人税基本通達9-2-1）。具体的には、法人の取締役・執行役・会計参与・監査役・理事・監事・清算人等のほか、相談役・顧問その他これに類する者で法人の経営に従事している者も含まれます。

役員の判定の原則：本社に帰属

役員は法人全体の経営に従事していることから、勤務すべき場所は本社であると考えられます。したがって、原則として免税点判定においては本社の従業者に含めます。役員報酬・役員賞与も本社の従業者給与総額に含めます。

例えば、東京都23区内に本社、横浜市（課税区域外）に支店がある法人で、A取締役が本社・支店の経営を両方見ている場合でも、原則としてA取締役は本社（23区内）の従業者として1人カウントされ、A取締役の役員報酬は本社の従業者給与総額に含めます。

課税区域内外の事業所等を兼務する場合の例外

ただし、役員および使用人兼務役員が、課税区域内（東京都23区内）と課税区域外の事業所等を兼務する場合は、その役員および使用人兼務役員の勤務すべき場所は兼務に係るそれぞれの事業所等であると考えられます。そのため、免税点の判定上はそれぞれに含まれることになります。

この場合の課税標準（給与総額）の取扱いは少し複雑です。役員報酬・役員賞与については引き続き本社の従業者給与総額に含めますが、使用人兼務役員の「使用人としての給与」は、勤務地の従業者給与総額に含めます。これは、使用人としての給与部分は本来の役員報酬とは性質が異なり、実際の労務提供地に対応すべきと考えられているためです。

非常勤役員と無給役員の違い

非常勤役員であっても、給与（役員報酬）が支払われていれば免税点判定および課税標準ともに含めます。一方、無給の役員は、給与の支払いがないため免税点判定でも従業者にカウントせず、当然ながら課税標準にも含めません。

無給役員の典型例としては、親会社の役員が子会社の取締役を兼務しているが、子会社からは役員報酬を受け取らないケースなどがあります。この場合、子会社では無給役員として扱い、免税点判定や課税標準には影響しません。

【※2】パートタイマーの判定（特に重要・複雑）

事業所税における「パートタイマー」の取扱いは、実務上もっとも誤解されやすい論点の一つです。重要なポイントは、「パート」「アルバイト」という呼称ではなく、実際の勤務時間で判定することです。

パートタイマーの定義：「相当短時間」とは

東京都主税局「事業所税の手引」では、パートタイマーを「形式的な呼称ではなく、勤務の状態によって判定されるもの」と明確に定義しています。具体的には、当該事業所等の通常の勤務時間より相当短時間の勤務をすることとして雇用されているものをいい、免税点の判定における従業者の範囲から除かれます。

そして「相当短時間の勤務をすることとして雇用されているもの」とは、就業規則等で定められた1日の所定労働時間（就業規則等に勤務時間の規定がない場合には、免税点判定日における実勤務時間）が同一事業所等に雇用される同一職種の正規従業者と比較して4分の3未満であるものをいいます。

具体的な判定基準：正規従業者の3/4未満かどうか

正規従業者の1日の所定労働時間が8時間の場合を例に考えてみましょう。この場合、「相当短時間」とは8時間×3/4＝6時間より少ない勤務、つまり1日の所定労働時間が6時間未満の従業者が「相当短時間勤務」（パートタイマー）に該当します。

同様に、正規従業者の所定労働時間が7.5時間の事業所等の場合は、7.5時間×3/4＝5.625時間より少ない勤務時間、つまり1日5.6時間（5時間36分）未満の勤務がパートタイマー扱いとなります。

原則：就業規則等に勤務時間の定めがあればそれによって判定

パートタイマー判定の原則は、就業規則・雇用契約書等に定められた1日の所定労働時間に基づいて行います。就業規則等で「1日の所定労働時間は8時間とする」「パートタイマーの所定労働時間は1日5時間とする」のように明確に規定されていれば、その規定に従って判定します。所定労働時間が正規従業者の3/4以上であればパートタイマーに該当せず、3/4未満であればパートタイマーとして免税点判定から除外されます。

この原則的な判定では、期末日（免税点判定日）にその従業者が実際に出勤していたかどうかは関係ありません。あくまで就業規則等で定められた所定労働時間で判定されるため、たまたま期末日が休日や有給休暇で出勤していなかったとしても判定結果に影響しません。

例外:勤務時間の定めがない場合は期末日当日の実勤務時間で判定

就業規則等に勤務時間の規定がない場合は、免税点判定日(算定期間の末日)における実勤務時間で判定します。その日に実際にどれだけ勤務したかが判定の基準となります。

ここで重要なのは、「就業規則等に勤務時間の規定がない場合」には、以下のようなケースが含まれる点です。

• 就業規則自体に勤務時間の定めがない場合(記載漏れや、小規模事業者でそもそも就業規則がない場合など)
• 就業規則に勤務時間の定めはあるものの、シフト制等で規則性がなく、具体的に1日何時間と定めがない場合(小売・飲食・サービス業のシフト勤務など)

つまり、シフト制で日によって勤務時間がまちまちで、就業規則等から「1日何時間」と一義的に決まらない従業者は、後者のケースに該当し、期末日当日の実勤務時間で判定されることになります。

期末日が土日祝で出勤者が少ない場合の取扱い(実務上の重要論点)

上記の例外(勤務時間の定めがない、またはシフト制等で規則性がない場合)に該当する事業者で、免税点判定日となる期末日が土日祝日に当たり、多くの従業者が休みの場合は、その日に出勤していない従業者については「実勤務時間ゼロ時間」として判定されることになります。形式的に判定すれば、ゼロ時間は当然「正規従業者の所定労働時間の4分の3未満」に該当するため、結果的に多くの従業者がパートタイマー扱いとなり、免税点判定から除外される可能性があります。

原則・例外のまとめ

就業規則を整備することの重要性

上記のような期末日の偶然による判定のブレを避けるためにも、就業規則等で各従業者の所定労働時間を明確に規定しておくことが重要です。所定労働時間が就業規則等で明確であれば、期末日の実勤務状況に関わらず、規定された所定労働時間に基づいて判定が行われるため、安定した判定が可能となります。

免税点判定と課税標準の非対称な扱い

パートタイマーの取扱いで最も注意すべきは、免税点判定では除外されるが、給与総額（課税標準）には含めるという非対称な扱いです。例えば1日4時間勤務のパート従業員50人がいる場合、これらは免税点判定（100人超かどうか）の頭数にはカウントされませんが、彼らに支払った給与は従業者給与総額に含めて、課税標準として税率0.25%が適用されます。

【※3】日々雇用等の臨時従業員の取扱い

日々雇用、つまり1日単位で雇用契約を結ぶ臨時従業員（日雇い労働者）は、原則として免税点判定の従業者数に含めます。同様に、給与（賃金）は従業者給与総額にも含めます。

勤務時間によってパートタイマー扱いに切り替わる

ただし、日々雇用の臨時従業員であっても、1日の勤務時間が正規従業者の4分の3未満であれば、上記※2のパートタイマーとして取り扱われ、免税点判定から除外されます。

例えば、建設現場で1日8時間勤務する日雇い労働者は日々雇用の臨時従業員として免税点判定に含めますが、1日4時間しか働かない日雇い労働者は「相当短時間勤務」のパートタイマーとして免税点判定から除外されることになります。

【※4】出向者の判定（3つのパターン）

出向者の事業所税における取扱いは、給与の負担関係によって判定が異なるため、実務上もっとも複雑な論点の一つです。

出向の定義

東京都主税局「事業所税の手引」によれば、「出向」とは、出向元企業と出向従業者の雇用関係を維持しながら、当該従業者の指揮監督権を出向先企業に賦与し、出向先企業において労務を提供させるものをいいます。出向者は出向元との雇用関係は維持されたまま、実際の労務は出向先で提供する形になります。

パターン①：出向元のみが給与を支払う場合

もっとも一般的な出向形態で、給与の支払いは引き続き出向元が行い、出向先からは出向元に対して何も支払われない（または出向先が出向元に対して支払う金銭が法人税法上「給与」として取り扱われない）場合です。

この場合、出向者は出向元の従業者として取り扱い、出向元で免税点判定の頭数にカウントするとともに、出向者に支払う給与は出向元の従業者給与総額に含めます。出向先側では、出向者は従業者にも給与総額にも含めません。

パターン②：出向先が出向元に給与相当分を支払う場合

出向先の会社が出向元の会社に対して「経営指導料」「業務委託料」などの名目で給与相当額を支払うケースがあります。この場合、その支払いが法人税法上「給与」として取り扱われる場合（法人税基本通達9-2-45）は、出向者は出向先の従業者として取り扱います。

つまり、出向先で免税点判定の頭数にカウントするとともに、給与（実質的に出向先が負担した部分）は出向先の従業者給与総額に含めます。一方、出向元では従業者にも給与総額にも含めません。

パターン③：出向元と出向先が一部負担している場合

出向者の給与を、出向元と出向先が一部ずつ負担しているケースもあります。例えば、出向元が月給の60%、出向先が40%を負担しているような場合です。

このような場合の免税点判定は、「主たる給与」を支払う会社の従業者として取り扱います。「主たる給与を支払う会社」とは、法人税法上、給与として取り扱われる金額を含めたうえで、出向従業者に対する給与等に係る負担額がより多い会社をいいます。

つまり、給与負担額が多い方の会社で免税点判定の頭数1人としてカウントされ、他方の会社では頭数にカウントされません。

【※5】中途退職者の取扱い

事業年度の途中で退職した従業者は、算定期間末日には在籍していないため、免税点判定では従業者数に含めません（末日現況で判定するため）。

しかし、退職時までに当該従業者に支払われた給与等は、従業者給与総額（課税標準）には含めます。これは、課税標準である従業者給与総額が「算定期間中に支払われた又は支払われるべき給与の総額」と定義されていることによります。

このように、免税点判定と課税標準で扱いが異なる点が中途退職者の特徴です。離職者が多い業種（小売業・飲食業など）では、退職者の給与をすべて従業者給与総額に集計する必要があるため、税額への影響が大きくなります。

【※6】休職中の従業者の取扱い

休職中の従業者については、算定期間中に給与等が一度でも支払われていれば、免税点判定および課税標準ともに含めます。逆に、無給休職で算定期間中に給与の支払いが一切ない場合は、免税点判定にも給与総額にも含めません。

具体的なケース別の取扱い

例えば、産前産後休業や育児休業中の従業者については、休業期間中に給与の一部（または出産手当金・育児休業給付金以外の給与）が支払われているかどうかで判定が変わります。

• 給与が一部でも支払われている場合：免税点判定・課税標準ともに含める
• 給与の支払いが一切なく、健康保険からの傷病手当金や雇用保険からの育児休業給付金のみ受給：免税点判定・課税標準ともに含めない（これらは「給与」ではないため）
• 会社負担の社会保険料のみ発生し、給与は無支給：給与の支払いはないため含めない

「一度でも」というキーワードに注意が必要で、年初に1か月分だけ給与を受け取った後、その後ずっと無給休職になっている場合でも、当該従業者は免税点判定の人数にカウントされます。

【※7】在宅勤務者の取扱い

近年急速に普及した在宅勤務者の取扱いは、事業所税の判定上、特に注意が必要です。

完全在宅勤務の場合：「一度も出勤なし」が条件

東京都主税局「事業所税の手引」では、在宅勤務者について「算定期間中、一度も課税区域内の事業所等に出勤しない場合は、従業者に含めない」と規定しています。同様に、給与総額にも含めません。

つまり、「ほとんどリモートワークで月1〜2回しか出社していない」という場合でも、出社事実が1回でもあれば、その従業者は通常の従業者として免税点判定および給与総額にカウントされます。免税点判定から除外できるのは、算定期間中に1回も出社していない完全在宅勤務者のみです。

記録の重要性

在宅勤務者の判定では、各従業者が算定期間中に実際に何回事業所等に出社したかを記録しておくことが重要です。タイムカードや入退館記録、勤怠管理システムのログなどで出社実績を確認できる体制を整えておくと、税務調査でも適切に説明できます。

【※8】海外・課税区域外への派遣の取扱い

海外赴任や課税区域外（東京23区外）への派遣・出張が「長期」に及ぶ場合は、免税点判定および給与総額から除外されます。

「長期」の定義：算定期間を超える期間

ここで重要なのが「長期」の意味です。東京都主税局「事業所税の手引」では、「長期」とは課税標準の算定期間を超える期間を指すと明確に定義しています。法人の場合、課税標準の算定期間は事業年度ですから、つまり1事業年度を超える期間の海外赴任や課税区域外派遣が「長期」に該当します。

逆に言えば、算定期間内に戻ってくる出張・派遣（短期出張）は通常の従業者として免税点判定および給与総額にカウントします。

海外出張の給与の取扱い

海外への出張の場合、出張者の給与が所得税の対象外であれば従業者給与総額には含めません。これは、海外勤務者で非居住者となった者の国外源泉所得について所得税が課されないことに対応した取扱いです。1年以上の海外勤務予定で非居住者となった場合、その期間中の海外勤務分の給与は所得税の課税対象外となり、事業所税の従業者給与総額からも除かれます。

【※9】派遣労働者の取扱い

「労働者派遣事業の適正な運営の確保及び派遣労働者の保護等に関する法律」（労働者派遣法）に基づく派遣労働者は、派遣元の従業者として取り扱います。給与（賃金）も派遣元の従業者給与総額に含めます。

派遣先での扱いはない

派遣先の事業所等では、たとえ派遣労働者が常駐していても、派遣先の従業者および給与総額には含めません。これは、派遣労働者と雇用契約を結んでいるのは派遣元であり、給与を支払っているのも派遣元であることに対応した取扱いです。

例えば、東京23区内のA社が派遣会社B社（23区内）から派遣労働者10名を受け入れている場合、これら10名はB社（派遣元）の従業者として免税点判定および給与総額にカウントされ、A社（派遣先）の判定には影響しません。

派遣労働者のパートタイマー判定

派遣労働者についてパートタイマー判定（※2参照）を行う場合、派遣元の通常の従業者と比較して判断します。派遣先の従業者と比較するわけではない点に注意が必要です。

例えば、派遣元の正規従業者の所定労働時間が8時間、派遣先の正規従業者が7時間の場合、派遣労働者の所定労働時間が6時間であれば、派遣元基準（8時間×3/4＝6時間未満）では「相当短時間」に該当せず、パートタイマー扱いになりません。派遣元の通常の従業者として免税点判定に含まれます。

派遣労働者が課税区域外へ派遣されている場合

派遣元が23区内にあっても、派遣労働者が課税区域外（例：横浜市など）へ派遣されている場合は、免税点判定には含めず、その期間中に支払われた給与についても従業者給与総額から除きます。これは、派遣労働者の実際の労務提供地が課税区域外であることに対応した取扱いです。

【※10】保険外交員の取扱い

保険外交員（生命保険・損害保険の外務員）の取扱いは、給与等の支払形態によって変わります。

所得税法上の給与か外交員報酬かで判定が分かれる

所得税法上の給与等が支払われている場合は、保険外交員は通常の従業者として免税点判定に含め、給与等は従業者給与総額にも含めます。

一方、保険会社等によくある「外交員報酬」として支払われる場合（事業所得や雑所得として処理されるケース）は、所得税法上の給与所得に該当しないため、免税点判定および給与総額のいずれからも除外されます。

判定の確認方法

具体的な判定は、保険外交員に対して給与所得の源泉徴収票が交付されているか、報酬料金等の支払調書が交付されているかで確認できます。源泉徴収票が交付されている場合は給与所得として扱われており、免税点判定および給与総額に含めます。

同様の取扱いは、その他「外交員その他これらに類する者」（不動産仲介の歩合制従事者、訪問販売員など）にも適用されます。所得税の取扱い上、給与所得に該当する場合のみ事業所税の従業者給与総額に含めます。

パートタイマーの判定（特に重要・複雑）

「パートタイマー」は形式的な呼称ではなく、勤務の状態によって判定されるものです。具体的には、就業規則等で定められた1日の所定労働時間が、同一事業所等に雇用される同一職種の正規従業者と比較して4分の3未満であるものをいい、免税点判定における従業者の範囲から除かれます。

出向者の判定（3つのパターン）

出向者の取扱いは、給与の負担関係によって判定が異なります。出向とは、出向元企業と出向従業者の雇用関係を維持しながら、その従業者の指揮監督権を出向先企業に賦与し、出向先企業において労務を提供させるものをいいます。

役員の取扱い

役員とは、法人税法上の役員と同義で、法人の取締役・執行役・会計参与・監査役・理事・監事・清算人等のほか、相談役・顧問その他これに類する者で法人の経営に従事している者をいいます。

従業者数に著しい変動がある場合の特例

課税標準の算定期間中を通じて従業者数に著しい変動がある事業所等については、各月末日現在の従業者数の合計を算定期間の月数で除した数を、算定期間末日現在の従業者数とみなします（地方税法701条の43第4項）。

共同事業・みなし共同事業の免税点判定

共同事業の場合

共同事業を行う場合、各共同事業者の免税点判定は、共同事業に係る事業所床面積・従業者数に損益分配の割合を乗じた面積・数で行います（割合が定められていない場合は出資額の割合）。

みなし共同事業の場合

共同事業とみなされた事業（特殊関係者と同一家屋で事業を行う場合など）については、各共同事業者の単独の事業として、特殊関係者を有する者の事業所床面積・従業者数に、特殊関係者の事業所床面積・従業者数を合算して免税点判定を行います。

免税点以下でも申告が必要なケース

免税点以下の場合、原則として事業所税の納付は必要ありませんが、免税点以下申告が必要となるケースがあります。以下の3つのいずれかに該当する場合は、免税点以下申告書の提出が必要です。

免税点と申告要否のチェックフロー

まとめ