電子帳簿保存法は、国税関係帳簿書類を電子データで保存する場合のルールを定めた法律です。名前から「帳簿を電子化しなければならない法律」と受け取られがちですが、それは誤解です。3つの保存区分のうち、義務なのは「電子取引データ保存」だけで、残る2つ（電子帳簿等保存・スキャナ保存）はあくまで任意の選択肢にすぎません。
そして、義務である電子取引データ保存については、紙に出力して保存することは認められません。宥恕措置は令和5年末で終了し、令和6年1月以後の電子取引は、データのまま保存しなければならないのです。要件を満たせない場合の受け皿として猶予措置がありますが、これは「データを残さなくてよい」という意味ではありません。ここを取り違えると、保存義務違反となり、青色申告の承認取消の対象にもなり得ます。本記事では、この切り分けを軸に整理します。青色申告の取消事由は会社設立後にやるべき税務手続きとあわせて確認してください。
- 3つの保存区分のうち、義務は「電子取引データ保存」のみ。他の2つは任意
- 令和6年1月以後の電子取引は、紙に出力しての保存が認められない
- 保存には真実性の要件と可視性の要件を満たす必要がある
- 前々事業年度の売上高が5,000万円以下なら、検索機能の要件はすべて不要
- 猶予措置は相当の理由があれば適用でき、事前申請は不要。ただしデータ保存自体は必須
- 要件に従わない保存は、青色申告の承認取消の対象になり得る
3つの保存区分（義務なのは1つだけ）
| 区分 | 内容 | 義務か |
|---|---|---|
| 電子帳簿等保存 | 会計ソフト等で最初から一貫して作成した帳簿・決算書類を、データのまま保存する | 任意 |
| スキャナ保存 | 紙で受け取った請求書・領収書をスキャンして電子データで保存する | 任意 |
| 電子取引データ保存 | メールやウェブサイトでやりとりした請求書・領収書等のデータを、データのまま保存する | 義務 |
電子取引とは何か
電子取引とは、注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当する取引情報を電磁的方式でやりとりする取引をいいます。具体的には次のようなものです。
| 類型 | 具体例 |
|---|---|
| メールでの授受 | 請求書PDFの添付ファイル。本文に取引情報が記載されている場合はメール本文も対象 |
| ウェブサイトからの取得 | 通販サイトの領収書ダウンロード、クレジットカードの利用明細、画面のスクリーンショット |
| クラウドサービス | 請求書発行システム、経費精算システムを通じた授受 |
| EDI取引・電子契約 | 受発注システム、電子契約サービスによる契約書 |
保存要件（真実性と可視性）
電子取引データの保存には、改ざんを防ぐ真実性の要件と、必要なときに確認できる可視性の要件の両方を満たす必要があります。
真実性の要件（いずれか1つ）
| 方法 | 内容 |
|---|---|
| タイムスタンプの付与 | 送信側または受信側でタイムスタンプを付す |
| 訂正削除の履歴が残るシステム | 訂正・削除ができない、または履歴が残るクラウド等で保存する |
| 事務処理規程の策定・運用 | 訂正・削除の防止に関する事務処理規程を定めて備え付け、そのとおり運用する |
可視性の要件
保存場所にディスプレイやプリンタ等を備え付け、整然とした形式・明瞭な状態で速やかに出力できるようにしておくこと、システムの概要書を備え付けること、そして取引年月日・取引先・取引金額の3項目で検索できることが求められます。
検索要件が必要な場合でも、専用システムは必須ではありません。ファイル名を「20260710_〇〇商事_55000」のように取引年月日・取引先・金額の順で付け、規則的に保存すれば要件を満たせます。索引簿（一覧表）を作成する方法も認められています。
猶予措置の正しい理解
保存要件に従った保存ができなかったことについて、所轄税務署長が相当の理由があると認め、かつ税務調査等の際に、税務職員の求めに応じて電子データのダウンロードと、そのデータを出力した書面の提示・提出ができるようにしている場合には、保存要件を満たさなくてもデータの保存が認められます。これが猶予措置です。
| 論点 | 結論 |
|---|---|
| 事前の申請は必要か | 不要。税務署への届出や承認申請の手続きはない |
| データを保存しなくてよいのか | 誤り。データそのものの保存は必須。免除されるのは保存「要件」だけ |
| 紙に出力して保存すればよいか | 認められない。データ保存に代えて書面保存とすることはできない |
| 「相当の理由」とは | システムやワークフローの整備が間に合わない等の事情。整備が整っているのに理由なく保存要件に従っていない場合は認められない |
違反した場合のリスク
電子取引データが要件に従って保存されておらず、災害等のやむを得ない事情も相当の理由もない場合、青色申告の承認の取消対象になり得ます。ただし国税庁は、違反の程度等を総合勘案し、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討したうえで判断するとしています。単に保存漏れがあっただけで直ちに取り消されるわけではありません。
一方で、隠蔽・仮装により電子取引データを改ざんしていた場合には、重加算税が10％加重される措置があります。また、保存すべきデータがなければ、税務調査で取引の実在性を説明できず、経費の否認や推計課税につながるおそれもあります。青色申告の取消しについては加算税の種類と割合もあわせてご確認ください。
実務上の落とし穴
想定Q&A集
Q1. 帳簿を電子化しなければならないのですか
必要ありません。電子帳簿等保存は任意です。義務なのは電子取引データ保存だけで、これはデータでやりとりした請求書等をデータのまま保存する、というものです。
Q2. 紙の請求書はスキャンしないといけませんか
いけません。スキャナ保存は任意の制度です。紙で受け取ったものは、これまでどおり紙で保存して構いません。
Q3. メールで受け取ったPDFを印刷して保存すればよいですか
認められません。令和6年1月以後の電子取引は、データのまま保存する必要があります。宥恕措置は令和5年末で終了しています。印刷した紙は補助的な資料にはなりますが、データ保存の代わりにはなりません。
Q4. 何を保存すればよいですか
注文書・契約書・送り状・領収書・見積書・請求書などに相当するデータです。メール添付のPDF、通販サイトの領収書、クレジットカードの利用明細、電子契約書などが該当します。受け取った分だけでなく、送った分も保存します。
Q5. 高価なシステムが必要ですか
必要ありません。真実性の要件は、国税庁のひな形を使って事務処理規程を定め、運用すれば満たせます。検索要件も、ファイル名を規則的に付けるか索引簿を作れば足ります。前々事業年度の売上高が5,000万円以下なら検索要件自体が不要です。
Q6. 検索要件が不要になる条件は
前々事業年度（個人は前々年）の売上高が5,000万円以下で、税務職員によるダウンロードの求めに応じられるようにしていることです。この場合、取引年月日・取引先・取引金額による検索機能はすべて不要になります。
Q7. 猶予措置とは何ですか
保存要件に従えなかったことに相当の理由があり、税務調査等でデータのダウンロードと出力書面の提示・提出に応じられる場合に、保存要件を満たさなくてもデータ保存が認められる措置です。事前の申請手続きは不要です。
Q8. 猶予措置ならデータを消してもよいですか
いけません。猶予措置で免除されるのは保存「要件」であって、データ保存そのものの義務ではありません。データを削除して紙だけ残す運用は保存義務違反です。ここを誤解している事業者が非常に多いので注意してください。
Q9. 「相当の理由」はどこまで認められますか
システムや社内ワークフローの整備が間に合わない等、要件に従って保存する環境が整っていない事情がある場合です。逆に、整備が整っているのに資金繰りや人手不足等の特段の事情なく保存要件に従っていない場合は、認められません。
Q10. 違反すると青色申告が取り消されますか
取消対象になり得ます。ただし国税庁は、違反の程度等を総合勘案し、真に青色申告書を提出するにふさわしくないと認められるかどうかを検討して判断するとしています。保存漏れが直ちに取消しにつながるわけではありませんが、放置すべきではありません。
Q11. 消費税の仕入税額控除にも影響しますか
消費税に係る保存義務者については、電子取引データを書面に出力して保存することも認められています。所得税・法人税とは扱いが異なりますが、実務では所得税・法人税の要件に合わせてデータで保存するのが安全です。
Q12. 何から始めればよいですか
まず社内のどこで電子取引が発生しているかを洗い出してください。メール、通販サイト、クラウドサービス、経費精算など、部署ごとに確認します。次に、データを集約する共有フォルダを決め、ファイル名の付け方をルール化し、事務処理規程を備え付ける。この3つで最低限の対応は完了します。
対応の判断フロー
| 手順 | 確認すること |
|---|---|
| 1 | 社内の電子取引を洗い出す（メール、通販、クラウド、電子契約、送信分も含む） |
| 2 | データを集約する保存場所を決め、担当者の受信箱から移す運用にする |
| 3 | 真実性の要件を選ぶ（事務処理規程が最も低コスト。定めたら運用する） |
| 4 | 前々事業年度の売上高が5,000万円以下かを確認する（該当なら検索要件は不要） |
| 5 | 必要ならファイル名のルールか索引簿で検索要件を満たす |
| 6 | 要件を満たせないなら猶予措置を前提に、データ保存とダウンロード対応の体制だけは必ず整える |
まとめ
電子帳簿保存法で義務なのは電子取引データ保存だけです。帳簿の電子化もスキャナ保存も任意にすぎません。そして、義務である電子取引データは、紙に出力して保存することができません。要件が整わない場合の猶予措置はありますが、それは要件を免除するものであって、データ保存そのものを免除するものではありません。まずは電子取引の洗い出しと、データを決まった場所に確実に残す運用から始めてください。専用システムがなくても、事務処理規程とファイル名のルールで対応できます。
- 義務は電子取引データ保存のみ。電子帳簿等保存とスキャナ保存は任意
- 令和6年1月以後の電子取引は、紙に出力しての保存が認められない
- 真実性の要件は事務処理規程で満たせる。可視性は検索3項目が基本
- 前々事業年度の売上高5,000万円以下なら検索要件は不要
- 猶予措置は事前申請不要。ただしデータ保存とダウンロード対応は必須
- 要件に従わない保存は青色申告の承認取消の対象になり得る
※本記事は作成時点の法令・公表資料（電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律および同施行規則、電子帳簿保存法取扱通達7-12、国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】」問61等、国税庁「電子帳簿等保存制度特設サイト」）に基づく一般的な解説です。猶予措置の終了時期や制度の詳細は改正により変わり得ます。具体的な取扱いは最新の法令・一問一答の確認、所轄税務署への照会、または税理士へのご相談をおすすめします。
