年末調整を徹底解説｜令和7年改正(基礎控除・特定親族特別控除)・計算例・実務の落とし穴

※本記事は令和7年12月に行う年末調整(令和7年分)を主対象に、令和8年1月以後の源泉徴収事務の変更、および令和8年度税制改正大綱で示された追加改正にも触れています。数値・様式は国税庁の最新資料で必ずご確認ください。

1. 年末調整とは（源泉徴収の年間精算）
2. 対象になる人・ならない人
3. 提出を受ける各種申告書
4. 令和7年改正①：基礎控除（段階別の額）
5. 令和7年改正②：給与所得控除・扶養所得要件・配偶者特別控除
6. 特定親族特別控除の新設（控除額早見表）
7. 年末調整の計算手順と計算例
8. 実務で頻発する誤り・落とし穴
9. 令和8年1月以後の源泉徴収事務
10. 源泉徴収票・法定調書への反映
11. まとめ

年末調整は、その年最後の給与の支払時に、1年間の給与総額が確定した段階で正しい年税額を計算し、源泉徴収済みの合計額との過不足を精算する手続きです。源泉徴収しすぎていれば還付、不足していれば追加徴収します。これにより、給与所得者の多くは確定申告をせずに納税が完了します。とくに令和7年分は、後述のとおり月次の源泉徴収税額表に基礎控除の加算特例が織り込まれていないため、年末調整で還付が出るケースが例年より多くなります。

年末調整の前提は「給与所得者の扶養控除等(異動)申告書」の提出です。これを提出している(甲欄適用)人が対象で、未提出の人(乙欄・丙欄)は年末調整を受けられず、自分で確定申告します。中途入社の人は、前職の源泉徴収票を回収して合算しないと正しい年税額が出せません。回収できない場合は年末調整できず、本人が確定申告することになります。

年末調整をしても、医療費控除・雑損控除・寄附金控除(ふるさと納税のワンストップ特例を使わない分)・初年度の住宅ローン控除は対象外で、本人が確定申告する必要があります。これらがある人には、年末調整後に別途確定申告が必要だと案内しておくとトラブルを避けられます。

令和7年分から、従来の「基礎控除申告書 兼 配偶者控除等申告書 兼 所得金額調整控除申告書」に特定親族特別控除申告書が統合され、1枚で4つの申告ができる様式(通称「基・配・特・所」)になりました。基礎控除欄は、改正で本人の合計所得金額に応じて控除額(95万円〜)を自分で判定して記載する作りに変わっており、記載を誤ると年税額がズレます。従業員への記入案内が従来以上に重要です。

95万円〜63万円は、基礎控除58万円に加算特例(37万円・30万円・10万円・5万円)を上乗せした金額です。判定は「年収」ではなく「合計所得金額」で行う点に注意します。たとえば2か所給与や副業がある人は、合算した合計所得で区分が決まるため、年末調整(主たる給与だけ)の基礎控除と、確定申告での正しい基礎控除がズレることがあります(本業給与300万＝88万円でも、副業を足すと68万円になる等)。

令和8年度税制改正大綱の追加改正：令和8年分以後は、132万円超489万円以下の区分が104万円に引き上げられる等、基礎控除がさらに拡大する方向が示されています(成立前の情報のため、確定情報は国税庁資料で要確認)。本記事の表は令和7年分(確定済み)を軸にしています。

基礎控除95万円(低所得帯)＋給与所得控除65万円により、給与収入160万円までは所得税がかからないケースが生じます(いわゆる「160万円の壁」、扶養控除等の適用がない単身者の例)。また扶養親族等の所得要件が58万円以下(給与123万円以下)に上がったため、これまで扶養から外れていた家族が新たに扶養対象になることがあり、従業員に扶養控除等申告書の再確認を促す必要があります。なお社会保険の「130万円の壁」は変わっていないため、税と社会保険の壁が別の金額になる点を案内すると親切です。

合計所得金額が58万円以下(給与123万円以下)なら、従来どおり特定扶養親族として扶養控除(63万円)の対象です。58万円を超える(給与123万円超)と扶養控除から外れますが、新設の特定親族特別控除で段階的に控除を受けられます。所得58万円超85万円以下(給与150万円以下)までは扶養控除と同額の63万円が維持され、そこから逓減して123万円超で0になります。適用には「給与所得者の特定親族特別控除申告書」の提出が必要で、子の所得見積額を表に当てはめて控除額を記載します。共働きで両親双方が同じ子を申告することはできず、いずれか一方のみです。

1. その年の給与・賞与の総額を集計(中途入社は前職分も合算)
2. 給与総額から給与所得控除を差し引き、給与所得を算出
3. 各種所得控除(基礎・配偶者・扶養・特定親族特別・保険料・社会保険料等)を差し引き、課税給与所得金額を算出(1,000円未満切捨て)
4. 課税給与所得金額に所得税の税率を適用し、算出所得税額を計算
5. (該当者)住宅ローン控除を差し引く(年調所得税額)
6. 年調所得税額に102.1%を乗じ、復興特別所得税込みの年調年税額を確定(100円未満切捨て)
7. 毎月の源泉徴収済み合計額との過不足を精算(還付または徴収)

前提：給与収入500万円、社会保険料75万円、生命保険料控除10万円、配偶者・扶養なし

• 給与所得 ＝ 500万円 － 給与所得控除144万円 ＝ 356万円
• 基礎控除：合計所得356万円は「336万円超489万円以下」なので68万円
• 所得控除合計 ＝ 社保75万＋生保10万＋基礎68万 ＝ 153万円
• 課税給与所得 ＝ 356万 － 153万 ＝ 203万円
• 算出税額 ＝ 203万×10％ － 97,500円 ＝ 105,500円
• 年調年税額 ＝ 105,500 × 102.1％ ≒ 107,700円(100円未満切捨て)
• 毎月の源泉徴収済み合計が13万円なら、差額約22,300円が還付

令和7年分は、月次の源泉徴収税額表に基礎控除の加算特例(95万円等への上乗せ)が織り込まれていません。そのため、低・中所得帯の人は毎月の源泉徴収が改正前ベースのままで、年末調整で加算分が反映されて還付が出る構造になります。還付額が例年より大きくなる人がいる点を、あらかじめ周知しておくと問い合わせを減らせます。

• 扶養親族の年齢判定はその年12月31日時点。19歳・23歳・70歳などの境目は基準日で判定する。特定扶養親族(19歳以上23歳未満)・特定親族(同年齢帯)の年齢も同様
• 「控除対象配偶者」と「源泉控除対象配偶者」は別概念。源泉控除対象配偶者(本人の所得900万円以下かつ配偶者の所得95万円以下)は月次の扶養人数にカウントするが、年末調整の配偶者控除・配偶者特別控除の判定は別途行う
• 所得金額調整控除(給与収入850万円超で、本人が特別障害者・23歳未満の扶養親族や特別障害者の同一生計配偶者等がいる場合)の適用漏れ。「基・配・特・所」申告書の所得金額調整控除欄を確認する
• 生命保険料控除の新旧区分。平成24年契約以降の新契約と旧契約で限度額・計算式が異なる。証明書の区分を取り違えると控除額がズレる
• 基礎控除欄の所得区分の誤記。改正で自己申告制になったため、本人の合計所得の見積りを誤ると基礎控除額(95万〜)が変わり年税額がズレる
• 過不足税額の精算。還付は通常その年最後の給与で支給、不足の徴収は翌年に繰り越せるが、原則は年内精算。納付書では年末調整による超過税額を翌月以後の納付分から差し引いて調整する(納期特例なら1月20日納付分等で充当)

とくに令和7年分は、改正項目が多く申告書様式も変わった初年度のため、従業員の記載ミスと担当者の設定ミスの両方が起きやすい年です。給与計算ソフトが改正後の基礎控除・特定親族特別控除に対応しているか、年末調整の前にテスト計算で確認することをおすすめします。

• 扶養控除等申告書等の記載が「控除対象扶養親族」→「源泉控除対象親族」に変更
• 「源泉控除対象親族」＝控除対象扶養親族＋合計所得金額100万円以下の特定親族(給与収入165万円以下)
• 毎月の源泉徴収では、特定親族のうち合計所得100万円以下の人を「扶養親族等の数」にカウント
• 令和8年分源泉徴収税額表が改定(同じ給与でも源泉税額が変わる)

特定親族でも合計所得100万円超123万円以下(給与165万円超188万円以下)の人は、毎月の源泉徴収では扶養親族等の数にカウントせず、年末調整で最終精算します。令和8年1月の給与計算からは、令和8年分の源泉徴収税額表と源泉徴収簿の令和8年分様式を使う必要があります。なお、令和8年分の税額表には基礎控除の加算特例(95万円等への上乗せ)は織り込まれず、その分は引き続き年末調整・確定申告で適用されます。

令和7年12月以後用の給与所得の源泉徴収票には、新たに「特定親族特別控除の額」の記載欄が追加されています。年末調整後の源泉徴収票の作成・交付には最新様式を使います。源泉徴収票は、従業員本人への交付に加え、一定の高額者等は税務署へ、全員分を市区町村へ(給与支払報告書として)提出します。法定調書合計表とあわせて、原則として翌年1月31日までに提出します。報酬・料金の支払調書なども同時期に提出するため、年末調整・源泉徴収票・法定調書・給与支払報告書を一連の流れとして1月末までに完了させる段取りが必要です。

• 年末調整は源泉徴収の年間精算。扶養控除等申告書の提出(甲欄)が前提
• 基礎控除は合計所得に応じた段階制(令和7・8年は95/88/68/63/58万円)。年収でなく合計所得で判定
• 給与所得控除65万円・扶養所得要件58万円・配偶者特別控除160万円に改正
• 特定親族特別控除新設(19〜22歳・給与123万超188万以下・63万→3万で逓減・専用申告書)
• 令和7年分は月次税額表に加算特例が未反映で年末調整の還付が大きくなりやすい
• 年齢判定の基準日・所得金額調整控除・保険料の新旧区分など誤りやすい点に注意
• 令和8年1月以後は「源泉控除対象親族」・新税額表で毎月の源泉徴収事務が変わる

• 配偶者控除と配偶者特別控除｜令和7年改正後の壁と控除額を解説
• 150万円・160万円の壁とは｜配偶者特別控除と令和7年改正を解説
• マイカー通勤手当はいくらまで非課税？距離区分と改正を解説

• 国税庁「令和7年度税制改正による所得税の基礎控除の見直し等について」
• 国税庁タックスアンサーNo.1177（特定親族特別控除）
• 国税庁タックスアンサーNo.2665（年末調整の対象となる人）
• 国税庁「令和7年分 年末調整のしかた」、令和7年度・令和8年度税制改正