居住用賃貸建物の控除対象外消費税額等｜仕入税額控除の制限と転用・譲渡の調整

控除対象外消費税額等は通常、課税売上割合が95％未満などのときに生じますが、課税売上割合が高く全額控除できる事業者でも生じる例外があります。その代表が居住用賃貸建物です。令和2年度改正により、一定の居住用賃貸建物は取得時の仕入税額控除そのものが制限されるため、税抜経理方式では控除対象外消費税額等が発生します。本記事では、この居住用賃貸建物に係る控除対象外消費税額等の取扱いと、その後の転用・譲渡による調整計算との関係を整理します。

※控除対象外消費税額等の全体像（発生の仕組み・繰延消費税額等の計算など）は、基礎記事「控除対象外消費税額等とは」で解説しています。本記事は居住用賃貸建物に特化した各論です。

居住用賃貸建物は仕入税額控除が制限される
税抜経理では控除対象外消費税額等が生じる
1. 法人税では損金算入できる
第三年度までの転用・譲渡で消費税が調整される
法人税の控除対象外消費税と消費税の調整の関係（重要）
実務上の注意点
まとめ

居住用賃貸建物は仕入税額控除が制限される

令和2年10月1日以後に取得する居住用賃貸建物に係る課税仕入れ等の税額は、原則として仕入税額控除の対象になりません（消費税法30条10項）。これは、住宅の家賃収入が非課税であるにもかかわらず、建物取得時に消費税の還付を受ける、という租税回避的なスキームを封じるために設けられた制限です。

対象となる「居住用賃貸建物」

住宅の貸付けの用に供しないことが明らかな建物以外の建物（居住用に貸す建物）
かつ、高額特定資産等に該当するもの（税抜1,000万円以上）

※店舗・事務所など住宅以外が明らかな建物、旅館・ホテル、販売用の棚卸資産として所有する間住宅貸付けに供しないことが明らかな建物などは対象外。店舗兼住宅は合理的に区分できれば店舗部分を除けます。

税抜経理では控除対象外消費税額等が生じる

税抜経理方式を採用している場合、建物の取得時に支払った消費税は仮払消費税等として計上されます。ところが、居住用賃貸建物はその仕入税額控除ができないため、この仮払消費税等は控除しきれず、資産に係る控除対象外消費税額等になります。

ここがポイントです。通常、課税売上割合95％以上で全額控除できる事業者には控除対象外消費税額等は生じません。しかし居住用賃貸建物は、課税売上割合にかかわらずその建物の仕入税額控除自体が制限されるため、全額控除できる事業者であっても控除対象外消費税額等が生じます。これが「例外」と言われる理由です。

法人税では損金算入できる

この居住用賃貸建物に係る控除対象外消費税額等は、法人税（所得税）の所得計算上、資産に係る控除対象外消費税額等として損金（必要経費）に算入できます。国税庁の質疑応答事例でも、税抜経理方式を適用する法人が、居住用賃貸建物の仕入税額控除ができない部分の金額を、資産に係る控除対象外消費税額等として損金算入できることが示されています。

処理は基礎記事のとおりで、資産に係る控除対象外消費税額等の3要件（課税売上割合80％以上・棚卸資産・一の資産20万円未満）に該当すればその事業年度の損金、該当しなければ繰延消費税額等として5年償却、または建物の取得価額に算入して減価償却、のいずれかになります。建物（高額）なので、通常は繰延消費税額等として5年償却か取得価額算入の検討になります。

第三年度までの転用・譲渡で消費税が調整される

仕入税額控除が制限された居住用賃貸建物について、取得日から第三年度の課税期間の末日までの間（調整期間）に、課税賃貸用に供した場合や譲渡した場合には、一定額を仕入控除税額に加算する調整が行われます（消費税法35条の2）。当初控除できなかった消費税の一部が、後から消費税側で戻ってくる仕組みです。

調整の用語

第三年度の課税期間：仕入れ等の日の属する課税期間の初日以後3年を経過する日の属する課税期間
調整期間：仕入れ等の日から第三年度の課税期間の末日まで
課税賃貸用：非課税の住宅貸付け以外の貸付け（事務所等＝賃料が課税）

計算例：税込1,100万円の居住用賃貸建物を3年内に事業用転用（課税賃貸割合40％）

調整税額＝ 11,000,000 ÷ 1.1 × 10％ × 40％＝ 400,000円
この400,000円を第三年度の仕入控除税額に加算（消費税が取り戻せる）

※調整するのは転用した年度ではなく必ず第三年度。3年以内に除却した場合や、4年目以降の転用は調整なし。

法人税の控除対象外消費税と消費税の調整の関係（重要）

ここが実務で混乱しやすい点です。居住用賃貸建物に係る控除対象外消費税額等を法人税で損金算入（または資産計上）した後に、消費税側で調整計算により仕入控除税額が加算されると、当初「控除できなかった」前提が一部覆ります。

消費税の調整で仕入控除税額が加算された（消費税が戻ってきた）部分は、もはや「控除対象外」ではなくなります。そのため、調整が行われた事業年度で、先に損金算入・資産計上していた控除対象外消費税額等のうち、調整で控除された部分に対応する金額を益金算入する（戻し入れる）等の調整が必要になります。法人税側の処理と消費税側の調整は連動するため、転用・譲渡があった年度（第三年度）の申告では、両者の整合を必ず確認してください。

国税庁の質疑応答事例でも、居住用賃貸建物を取得後一定期間内に課税賃貸用に供した（または譲渡した）場合の、資産に係る控除対象外消費税額等と消費税の調整計算との関係が取り上げられています。具体的な処理は事案により異なるため、第三年度の申告時に確認が必要です。