同族会社の判定と別表二｜特定同族会社・留保金課税も解説

日本の会社の大半は「同族会社」に該当します。家族や少数の株主で株式を持ち合う中小企業の多くがこれにあたり、法人税の申告書では別表二で同族会社かどうかを判定します。同族会社になると、留保金課税・みなし役員・行為計算の否認といった、税務上の特別なルールが適用される場面があります。

この記事では、同族会社・特定同族会社の判定方法を、法人税法の定義と別表二の考え方をもとに整理し、同族会社に適用される3つの税務規制をわかりやすく解説します。

同族会社とは

同族会社とは、株主等の上位3グループ以下が、その会社の発行済株式（自己株式を除く）または議決権の50%超を保有している会社をいいます（法人税法2条10号）。「50%ちょうど」では該当せず、「50%超」であることが要件です。少数の株主に支配が集中している会社、という意味です。

判定で重要なのは、株主を1人ずつ数えるのではなく、「同族関係者」をまとめて1つのグループとして数える点です。同族関係者には、株主等の親族（配偶者、6親等内の血族、3親等内の姻族）や、事実婚の相手、株主等が支配する他の会社などが含まれます（法人税法施行令4条）。

判定の具体例

いくつかのパターンで考えてみます。

2つ目の例のように、親族関係がなくても、上位3グループの合計が50%を超えれば同族会社になります。逆に、株式が無関係な多数の株主に広く分散していて上位3グループでも50%を超えない場合は、非同族会社です。

別表二での判定

法人税の申告書では、別表二（同族会社等の判定に関する明細書）で同族会社かどうかを判定します。上位の株主グループごとに保有株式数・議決権数を記載し、上位3グループの保有割合を合計して、50%超かどうかを判定する仕組みです。あわせて、特定同族会社に該当するか（1グループで50%超か）も判定します。

別表二を正しく書くには、株主の同族関係者をきちんとグループにまとめることが大切です。誰と誰が親族なのか、どの会社を誰が支配しているのかを整理し、グループ単位で持株割合を集計します。株主名簿と突き合わせて、関係者を漏れなくグループ化することがポイントです。

特定同族会社とは

特定同族会社は、同族会社のうち、1つの株主グループ（被支配会社の判定の基礎となる株主グループ）だけで発行済株式等の50%超を保有し、かつ資本金が1億円を超える会社をいいます。後述する留保金課税の対象になるのが、この特定同族会社です。

重要なのは、資本金1億円以下の会社は、原則として特定同族会社に該当せず、留保金課税の対象外という点です（大法人＝資本金5億円以上等の100%子会社等を除く）。多くの中小企業は資本金1億円以下のため、同族会社ではあっても留保金課税はかからない、という関係になります。

同族会社に適用される3つの規制

同族会社は、少数の株主が会社を支配しているため、会社と個人の利害が一致しやすく、税負担を意図的に調整できる立場にあります。そこで法人税法では、同族会社に対して次の3つの特別な規制を設けています。

(1) 特定同族会社の留保金課税

特定同族会社が、利益を配当せずに過大に内部留保した場合、通常の法人税とは別に、留保した金額に対して追加の税金（特別税率）が課されます。これが留保金課税です。配当すれば株主個人に所得税がかかるところを、配当せず会社に貯め込むことで課税を回避するのを防ぐ趣旨です。

留保金課税は、留保金額から留保控除額を差し引いた課税留保金額に対して、その金額に応じた特別税率を上乗せして課されます。留保控除額は、所得基準額（所得の40%）・定額基準額（年2,000万円）・利益積立金基準額のうち最も大きい金額が使われます。前述のとおり、資本金1億円以下の中小企業は原則として対象外のため、留保金課税が問題になるのは資本金1億円超の特定同族会社に限られます。

(2) みなし役員

同族会社では、形式的には役員でない使用人（従業員）であっても、一定の持株割合を満たし、かつ経営に従事している人は、税務上「役員」とみなされます（みなし役員）。具体的には、その人の属する株主グループの持株割合などの一定の要件を満たし、会社の経営に従事している場合が該当します。

みなし役員に該当すると、その人に支払う給与・賞与は役員給与として扱われ、定期同額給与・事前確定届出給与などの役員給与のルールに従わなければ損金になりません。社長の家族を従業員として高い給与や賞与を支給していると、みなし役員と判断され、役員給与の規制がかかる場合があるため注意が必要です。役員給与の損金算入ルールについては、当サイトの役員報酬の記事もあわせてご覧ください。

(3) 同族会社の行為計算の否認

同族会社が行った行為または計算で、これを認めると法人税の負担を不当に減少させる結果になると認められるものについては、税務署長がその行為・計算を否認し、通常の取引に引き直して法人税を計算し直すことができます（法人税法132条）。これを同族会社の行為計算の否認といいます。

同族会社は、第三者なら通常行わないような不自然な取引（極端に高い・低い価格での取引、合理性のない資金の貸し借りなど）を、身内同士で行うことができてしまいます。そうした不当な税負担の軽減を防ぐための、いわば包括的な否認規定です。具体的にどの取引が否認されるかは個別判断ですが、同族会社は「身内取引でも第三者と同じ合理的な条件で行う」ことが基本になります。

まとめ

同族会社は、上位3株主グループが50%超を保有する会社で、株主は親族などの同族関係者をまとめてグループ判定します。日本の中小企業の大半が該当し、判定は別表二で行います。同族会社には、特定同族会社の留保金課税・みなし役員・行為計算の否認という3つの規制があります。ただし留保金課税は資本金1億円超の特定同族会社が対象で、多くの中小企業は対象外です。みなし役員と行為計算の否認は中小企業でも関係するため、身内との取引は第三者と同じ合理的な条件で行うことを心がけましょう。

※本記事は作成時点の法令（法人税法2条10号・67条・132条、法人税法施行令4条・7条等）に基づく一般的な解説です。別表の様式や判定は個別の事実関係により異なる場合があります。具体的な判断は最新の条文・様式の確認、または税理士へのご相談をおすすめします。