インボイス制度とは？仕組み・記載事項・経過措置をわかりやすく解説【令和8年度改正対応】

消費税は、事業者が段階ごとに預かった税額から支払った税額を控除しながら、最終的に消費者の負担する税額を国に納める仕組みです。この控除を正しく行うには、どの取引にどの税率が適用され、いくらの消費税が課されたのかを取引の当事者間で正確に伝える必要があります。インボイス制度は、その伝達手段を法定の様式に統一し、控除の根拠を客観的な書類に結びつけた制度です。

2023年10月に始まったこの制度は、令和8年度税制改正で大きな節目を迎えます。免税事業者からの仕入れに認められてきた8割控除の経過措置が令和8年10月1日に7割へ切り替わり、2割特例が終了して個人事業者限定の3割特例が始まります。本記事では制度の基本から、切替え時期の実務判定までを整理します。

インボイス制度とは

インボイス制度とは、正式には「適格請求書等保存方式」といい、消費税の仕入税額控除を受けるために、一定の記載事項を満たした請求書等(インボイス)の保存を必要とする制度です。2019年10月に消費税率が8%と10%の複数税率になったことで、どの取引が何%なのかを正確に把握する必要が生じました。インボイス制度はこの複数税率に対応し、消費税を正確に計算・納付するための仕組みとして導入されました。消費税そのものの基本的な仕組みはそもそも消費税とはで解説しています。

なぜインボイス制度が導入されたのか

インボイス制度の導入前は「区分記載請求書等保存方式」が採用されており、免税事業者が発行した請求書でも仕入税額控除を受けることができました。しかし複数税率の導入後は税率ごとに正確な消費税額を把握する必要があり、また免税事業者から仕入れた場合でも控除できていた点が正確な税額計算の観点から問題視され、インボイス制度の導入に至りました。請求書方式の移り変わりは次のとおりです。

仕入税額控除とその要件

事業者は、売上で受け取った消費税から仕入れで支払った消費税を差し引いて納付税額を計算します。この差し引く仕組みが仕入税額控除です。事業者にとって預かる消費税は収益ではなく、支払う消費税もコストではありません。仮受金と仮払金のような性格のもので、国に納付することで精算される仕組みです。

インボイス制度以降、仕入税額控除を受けるためには原則としてインボイスの保存が必要です。インボイスがない仕入れや経費については、原則として仕入税額控除ができません。

インボイスの6つの記載事項

インボイスには次の6つの記載事項が必要です。従来の請求書に登録番号と税率ごとの消費税額などを追加したものがインボイスです。

インボイス発行事業者の登録

インボイスを発行できるのは、税務署長の登録を受けた適格請求書発行事業者のみです。登録を受けていない事業者はインボイスを発行できません。

売手・買手への影響

売手(課税事業者・登録済み)の場合

インボイスの記載事項を満たした請求書を発行する義務が生じ、買手から求められた場合には交付しなければなりません。発行したインボイスの写しは7年間保存する必要があり、請求書システムや会計ソフトの対応が必要になる場合もあります。

売手(免税事業者・未登録)の場合

インボイスを発行できないため、買手が仕入税額控除を受けられなくなります。買手が同じ11万円を支払っても、登録事業者からの仕入れなら1万円を控除できるのに対し、未登録事業者からの仕入れでは控除できず、その分のコストが買手に残ります。

買手が対応すべきこと

取引先がインボイス発行事業者かどうかを国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認し、受領した請求書に記載事項が揃っているかを点検します。インボイスは適切に保存し、電子インボイスは電子帳簿保存法のルールに従います。あわせて会計ソフト・経費精算システムの対応状況も確認してください。

免税事業者からの仕入れの経過措置

インボイス未登録の免税事業者等からの仕入れについては、急激な取引排除を防ぐため、一定割合の仕入税額控除を認める経過措置が設けられています(平成28年改正法附則52・53)。令和8年度税制改正により、この経過措置の期間と控除割合が見直されました。

この経過措置は本則課税で申告する場合に適用されます。簡易課税制度を選択している場合や2割特例・3割特例を適用する場合は、個々の仕入れについてインボイスの確認が不要なため影響を受けません。適用を受けるには、区分記載請求書等と同様の事項が記載された請求書等と、経過措置の適用を受ける旨を記載した帳簿の保存が必要です。控除できなかった部分の会計処理はインボイス経過措置で控除できない消費税の処理で解説しています。

令和8年10月1日をまたぐ取引の控除割合

8割か7割かの判定で最も誤りやすいのが、令和8年10月1日をまたぐ取引です。結論を先に言い切ると、用いる割合は支払日でも請求書の日付でもなく、その課税仕入れを行った日で判定します。国税庁のインボイスQ&A(問113-3、令和8年4月追加)がこの取扱いを明示しています。

設例で見る判定

短期前払費用は法人税で支払時の損金算入が認められる場合に、消費税でも支出した日の属する課税期間の課税仕入れとして扱われます(消基通11-3-8)。したがって、令和8年1月に支払った1年分の保守料を短期前払費用として処理していれば、令和9年分にかかる部分も含めて全額8割控除で差し支えないとされています(問113-4)。契約変更等で金額が変動した場合の加算・減算も、当初適用した割合で行います。

敷金・保証金については、返還されないこととなる部分の金額はその返還されないことが確定した時が課税仕入れの時期とされます(消基通9-1-23、11-3-1)。契約締結時に返還されないことが確定している金額は締結時が基準となるため、令和8年9月に契約を締結していれば8割、10月以後に確定した金額は7割となります。

負担軽減の特例(2割・3割・簡易課税)

2割特例(令和8年9月30日を含む課税期間まで)

インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった方を対象に、納付税額を売上税額の2割に軽減できる特例です。事前の届出が不要で申告時に選択できます。法人の場合は令和8年9月30日を含む課税期間までの適用となる点に注意が必要です。詳しくはインボイスの2割特例とはで解説しています。

3割特例(令和8年度改正で新設・個人事業者限定)

2割特例の終了後、個人事業者を対象に、令和9年分・令和10年分の課税期間について納付税額を売上税額の3割とすることができる経過措置が新設されました(平成28年改正法附則51の3)。計算上は、売上税額から売上げに係る対価の返還等の税額を控除した残額に7割を乗じた金額を特別控除税額とし、結果として納付税額が売上税額の3割になります。2割特例と同様に事前の届出や継続適用の制限はなく、申告書に3割特例の適用を受ける旨を付記することで適用できます。

簡易課税制度と届出期限の緩和

基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者は簡易課税制度を選択できます。簡易課税では受け取ったインボイスを保存しなくても、みなし仕入率で計算するため仕入税額控除を受けられます。事業区分によっては3割特例より有利になり、たとえば小売業ならみなし仕入率80%が適用されるため、売上税額の2割の納付で済み3割特例より有利です。

簡易課税への移行手続も緩和されました。2割特例または3割特例の適用を受けた事業者は、その適用を受けた課税期間の翌課税期間に係る確定申告期限までに消費税簡易課税制度選択届出書を提出すれば、その翌課税期間から簡易課税制度の適用を受けられます。改正前は課税期間の末日までの提出が必要だったため、申告作業をしながら有利判定をして間に合う形に改善されています。届出書の詳細は消費税簡易課税制度選択届出書を、制度全体は消費税の簡易課税制度をご覧ください。

登録すべきかの判断フロー

実務の落とし穴

1: 控除割合を支払日で判定してしまう

2: 賃借期間が10月1日をまたぐ賃料を按分しない

3: 帳簿への経過措置適用の記載を欠く

4: 法人が3割特例を使えると誤解する

5: 1億円の上限を意識せず経過措置を適用する

想定Q&A

Q1 免税事業者のままだと取引できなくなりますか

必ずしも取引できなくなるわけではありません。ただし買手が課税事業者の場合、未登録だと買手は仕入税額控除に制約が生じます。経過措置の期間中は一定割合の控除が可能なため当面は取引が続くケースも多いですが、令和8年10月から控除できない部分が2割から3割に拡大するため、価格交渉が持ち上がる可能性は高まります。

Q2 登録番号はどこで確認できますか

国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで、登録番号を入力すると登録済みかどうかを確認できます。受領した請求書の登録番号が有効かどうかをチェックする際に使います。取引先が多い場合はWeb-APIによる一括確認も利用できます。

Q3 9月に発注し10月に納品された商品はどちらの割合ですか

7割です。商品の仕入れは引渡しのあった日が課税仕入れの時期となるため、発注日や支払日ではなく納品日で判定します。逆に9月に納品を受けて10月に支払った場合は8割です。9月末をまたぐ納品が続く取引では、納品書の日付で区分して集計してください。

Q4 短期前払費用なら1年分を8割で控除できますか

できます。短期前払費用の取扱いを受ける課税仕入れは、支出した日の属する課税期間に行ったものとして扱われるためです。令和8年9月30日以前に支出していれば、令和9年にかかる期間分を含めて全額8割控除で差し支えないとされています。ただし継続適用が前提であり、この期だけ短期前払費用に切り替えるような処理は認められません。

Q5 敷金や保証金はどう扱いますか

返還される部分は課税仕入れになりません。返還されないことが確定した部分について、その確定した時が課税仕入れの時期となります。契約締結時に返還されないことが確定している金額は締結時が基準となるため、令和8年9月に契約していれば8割、10月以後に確定した金額は7割です。

Q6 2割特例と3割特例は何が違うのですか

2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間までの措置で、法人と個人事業者の双方が対象でした。3割特例はその終了後に個人事業者限定で令和9年分・令和10年分に適用できる措置です。法人は3割特例の対象外で、一般課税か簡易課税に移行します。いずれも事前届出は不要で申告書への付記により適用します。

Q7 3割特例と簡易課税はどちらが有利ですか

事業区分によります。みなし仕入率が70%を超える第1種(卸売業90%)と第2種(小売業80%)は簡易課税のほうが有利です。第3種(70%)は同水準、第4種以下は3割特例が有利になります。ただし多額の設備投資があり還付が見込まれる場合は、いずれも還付が生じないため一般課税を検討すべきです。

Q8 簡易課税の届出はいつまでに出せばよいですか

2割特例または3割特例の適用を受けた事業者は、その翌課税期間に係る確定申告期限までに届出書を提出すれば、その翌課税期間から簡易課税を適用できます。改正前は課税期間の末日までとされていたため、実務上は大幅な緩和です。ただしこの取扱いは特例適用者に限られ、一般の事業者は原則どおり適用しようとする課税期間の初日の前日までの提出が必要です。

Q9 簡易課税を選ぶと経過措置の影響を受けますか

受けません。簡易課税はみなし仕入率で仕入税額を計算するため、免税事業者からの仕入れかどうかを個別に判定する必要がなく、8割か7割かという問題も生じません。仕入先にインボイス発行事業者が少ない事業者にとっては、事務負担の面でも有利に働きます。

Q10 1万円未満なら本当にインボイスは要らないのですか

少額特例の対象事業者であれば、税込1万円未満の課税仕入れについてインボイスの保存がなくても帳簿のみで控除できます。対象は基準期間の課税売上高1億円以下等の事業者で、適用期限は2029年9月30日までです。1万円未満かどうかは一回の取引の課税仕入れに係る金額で判定し、商品ごとに分割して判定することはできません。

まとめ

あわせて読みたい(消費税・インボイスシリーズ)

本記事は令和8年8月1日現在の法令・通達等に基づいて作成しています。出典:消費税法30条・37条、消費税法基本通達9-1-23・11-3-1・11-3-8、平成28年改正法附則51の2・51の3・52・53、財務省「令和8年度税制改正の大綱」、国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」(問113-3・113-4・114-2・115-2・117-3ほか)、国税庁適格請求書発行事業者公表サイト。個別の適用に当たっては顧問税理士等にご確認ください。